Společnost založil Facundo Bacardí v Santiagu de Cuba v roce 1862. Během Kubánské války za nezávislost a posléze okupace Kuby USA se stal rum Bacardi základem pro koktejly Cuba Libre a Daiquiri . Na začátku 20 století otveřela společnost další pobočky v Barceloně a New Yorku . Americkou pobočku ale posléze musela zavřít kvůli prohibici a společnost místo ní postavila stáčecí závod v Mexico City a palírnu v Portoriku . Henri Schueg ředitel společnosti Bacardi dokázal uchovat jméno Bacardi i pro produkty vyrobené mimo Kubu. Společnost dosáhla velkých úspěchů, což se projevilo například stavbou Edificio Bacardi (budova Bacardi) v Havaně, která je stále jednou z nejpozoruhodnějších budov stylu Art Deco v Havaně. Po převratu na Kubě znárodnila vláda majetek Bacardi a rodina opustila Kubu. Bacardi odmítla nabízené vyrovnání a uchovala si svoji značku nadále produkovanou z Portorika. Společnost také koupila značku Havana club , kterou potkal na Kubě stejný osud a byla znárodněna, a dodává rum Havana club do Spojených států . Znakem Bacardi je ovocný netopýr kaloň , jenž prý žil v podkroví první palírny Bacardi.